符合注册造价工程师水利工程初始注册条件的人员须在服务平台上进行注册，填报申请材料，对材料的真实性和有效性进行承诺并负责。国务院水行政主管部门或者各省、自治区、直辖市人民政府水行政主管部门（以下简称注册机关）收到申请材料后，对申请材料不齐全或不符合形式要求的，应当在5个工作日内一次性告知申请人需要补正的全部内容。逾期不告知的，自收到申请材料之日起即为受理。申请材料齐全、符合形式要求的，注册机关应当自受理之日起10个工作日内予以注册并核发水利造价工程师注册证书。
注册造价工程师（水利工程）注册分为初始注册、延续注册、变更注册及注销注册。注册的申请、受理和办理在全国一体化在线政务服务平台进行。国务院水行政主管部门负责定期公布水利造价工程师注册信息，提供查询服务。
符合注册条件的人员应当自取得资格证书之日起1年内申请初始注册。初始注册的有效期为4年。
申请初始注册应当提交下列材料：
1、承诺书；
2、初始注册申请表；
3、劳动合同和社会保险参保缴费材料（退休人员应当提供有效的退休证明、劳务合同和意外伤害保险参保缴费材料）；
4、申请初始注册距取得资格证书之日已超出1年期限的，应当提供符合本办法第二十八条规定的继续教育合格证明。
水利造价工程师注册有效期届满需继续执业的，应当在有效期届满1个月前申请延续注册。延续注册的有效期为4年。